U organizmów prokariotycznych występują struktury homologiczne mikrotubul, filamentów aktynowych i filamentów pośrednich. Pełnią one podobne funkcje jak w komórkach eukariotycznych.

Cytoszkielet prokariotyczny to wspólna nazwa wszystkich włókien strukturalnych u prokariontów. Kiedyś uważano, że komórki prokariotyczne nie posiadają cytoszkieletów, ale postępy w technologii wizualizacji i określaniu struktury doprowadziły do ​​odkrycia włókien w tych komórkach na początku lat 90. Nie tylko u prokariontów znaleziono analogi wszystkich głównych białek cytoszkieletu, odkryto również białka cytoszkieletu bez znanych homologów eukariotycznych.

Elementy cytoszkieletu odgrywają zasadniczą rolę w podziale komórek, ochronie, określaniu kształtu i polaryzacji u różnych prokariontów.

Wyróżniamy białka:

• FtsZ – homologiczne białko do tubuliny budującej mikrotubuli,
• MreB – homologiczne białko do filamentów aktynowych,
• CreS – homologiczne białko do filamentów pośrednich,